Việc đào tạo trí thức chiếm phần lớn thời gian huấn luyện tại chủng viện, được xem là lương thực của hành trình đào tạo nhằm giúp Chủng sinh hiểu biết, đón nhận, sống, loan báo và làm chứng về những chân lý về Thiên Chúa, con người, thế giới và cuộc sống. Việc đào tạo này hỗ trợ và phối hợp hài hòa với việc đào tạo nhân bản, thiêng liêng và mục vụ để giúp Chủng sinh trở thành những mục tử của thời đại hôm nay, với những đòi hỏi của chính bản chất của thừa tác vụ Linh mục và của công cuộc Phúc âm hóa (x. 116, 262, 308-309, 386-388; PDV 51). Ngoài ra, việc đào tạo trí thức của Đại Chủng viện Sao Biển được tổ chức theo Quy chế của Học viện Thần học Sao Biển để các Chủng sinh có khả năng thi Tốt nghiệp Cử nhân Thần học của Đại học Giáo hoàng Urbaniana.
